Sinopse
Tóquio, início do século XXI. Ayato Kamina, um estudante do ensino médio que vive com a mãe, depara, a caminho do local de um simulado, com o ataque de uma misteriosa força aérea surgida de repente nos céus. Na cidade destruída, em meio a uma paisagem idêntica a um quadro que ele próprio pintara, Ayato encontra uma menina misteriosa, Reika Mishima. Conduzido por Reika, ele toma o metrô e chega a um templo, onde se vê presente no instante em que uma gigantesca existência de forma humana, o "RahXephon", surge de um ovo. Seguindo as palavras "vou lhe mostrar a verdade", Ayato, que tentara escapar de Tóquio num VTOL com a misteriosa Haruka Shitow, é conduzido por Reika a sintonizar-se com o RahXephon e entra em seu corpo. Chegou, enfim, a hora do despertar. Tendo pulverizado a superarma Dolem, o RahXephon parte voando de Tóquio. Vendo sua terra natal de fora, Ayato avista ali um gigantesco "TOKYO JUPITER", semelhante ao planeta Júpiter. A capital, ocupada pela misteriosa existência MU, estava fechada por uma membrana estranha, e seus habitantes eram levados a viver uma vida falsa. E mais: no exterior já se haviam passado nada menos que 12 anos a mais... Quem são os humanos de "sangue azul" que dominam Tóquio? Que relação existe entre Ayato e o RahXephon? E, no mundo verdadeiro, qual é o destino que aguarda Ayato?
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